可直接抑制和杀灭皮肤表面和毛囊内的细菌，消除病原体的药物

根据材料中的描述，可以直接抑制和杀灭皮肤表面和毛囊内的细菌，消除病原体的药物是壬二酸（D选项）。其他选项如维A酸（B选项）、异维A酸（A选项）、阿达帕林（C选项）和过氧苯甲酰（E选项）虽然也可能用于皮肤疾病的治疗，但它们的作用机制并不包括直接抑制和杀灭细菌。因此，正确答案是D。