若在咨询中知晓本单位甲药师的处方调配存在不当之处，执业药师应

根据执业药师的职业准则和职责，应当在知晓本单位甲药师的处方调配存在不当之处时，积极提供咨询并给予纠正，确保公众用药的安全、有效、经济、适当。这是执业药师的基本职责，也是保障公众健康的重要一环。因此，正确答案是D。