关于行政处罚的决定及程序，下列说法正确的是？

本题考查行政处罚的决定及程序。
根据材料中的关键词“违法行为”，涉及的是行政处罚而非刑事犯罪。行政处罚的决定及程序通常由行政机关进行，而不是司法机关。因此，选项A（违法行为发生地省级药品监督管理部门）、选项B（违法行为发生地县级药品监督管理部门）和选项C（共同的上一级行政机关）都是行政机关的表述，但它们并不是关于行政处罚决定及程序的正确描述。而选项D没有提及具体的行政机关，只是提到“司法机关”，符合题目中关于由司法机关处理违法行为的表述。因此，正确答案为D。