药品生产企业对可能存在安全隐患的药品进行调查评估后，发现药品存在安全隐患的，应由哪一方决定召回？

根据主动召回的流程，药品生产企业对可能存在安全隐患的药品进行调查评估后，发现药品存在安全隐患的，应由该药品生产企业决定召回。因此，选项D“药品监督管理部门”是正确的。