关于医疗机构药学部门的管理与人员配置，下列说法正确的是？

关于医疗机构药学部门的管理与人员配置，说法正确的是“医疗机构药学专业技术人员不得少于本机构卫生专业技术人员的13%”。因此，选项D正确。关于其他选项的分析如下：

选项A中，二级以上医院药学部门负责人应具有高等学历和相应的专业技术职务任职资格，但具体的学历要求可能因地区或机构而有所不同，因此不能确定为所有二级以上医院都必须要求药学专业或者临床药学专业本科以上学历及本专业高级技术职务任职资格。

选项B提到各医疗机构应根据医院级别分别设置药学部、药剂科或药房，这是合理的做法，但并未明确指出具体比例或要求。

选项C描述了医疗机构药学部门的主要职责，这是正确的概括，但并不能直接作为判断题目答案的依据。

因此，结合以上分析，正确答案为D。