医疗机构应当优先选用的抗菌药物品种来源于哪个目录？

医疗机构应当优先选用《国家基本药物目录》中的抗菌药物品种。这是因为医疗机构在制定抗菌药物供应目录时，需要遵循省级卫生行政部门制定的抗菌药物分级管理目录，并优先选择国家基本药物目录中的抗菌药物品种。这样做是为了保证临床用药的安全、有效和合理。因此，选项D是正确的。而选项A、C与制定抗菌药物供应目录的过程不符合规定，选项B则违背了对抗菌药物供应目录品种数量的控制原则。