医疗机构未经所在地省级药品监督管理部门备案，擅自委托某药品生产企业配制中药制剂，药品监督管理部门责令其改正，但该医疗机构拒不改正，药品监督管理部门可做出的行政处罚包括

根据题目描述，医疗机构未经所在地省级药品监督管理部门备案，擅自委托某药品生产企业配制中药制剂。对于这种情况，药品监督管理部门首先会责令其改正。但如果医疗机构拒不改正，药品监督管理部门可以采取的行政处罚包括：责令停止委托配制中药制剂活动，以及直接责任人员5年内不得从事中医药相关活动。因此，正确答案是A和D。选项B和C提到的处罚措施，在题目描述的情境下并不适用。