负责制定本医疗机构药品处方集和基本用药供应目录的是

医疗机构药事管理与药物治疗学委员会（组）负责制定本医疗机构药品处方集和基本用药供应目录。这是其职责之一，以确保医疗机构的药品管理符合规定，提高药品使用的合理性和安全性。其他选项如学术委员会、医务部门、药学部门虽然与药品管理相关，但并不是负责制定药品处方集和基本用药供应目录的专门机构。因此，正确答案是D。