药品上市许可持有人或者代理人给予使用其药品的医疗机构的负责人、药品采购人员、医师、药师等有关人员财物或者其他不正当利益的，对其作出没收违法所得，并处30万元以上300万元以下罚款的部门是

药品上市许可持有人或者代理人给予使用其药品的医疗机构的负责人、药品采购人员、医师、药师等有关人员财物或者其他不正当利益的，对其作出没收违法所得，并处30万元以上300万元以下罚款的部门是市场监督管理部门。因此，选项D是正确的。而卫健委主要负责国家基本药物制度/目录，医疗保障部门涉及医疗保险，商务部则负责药品流通，均不涉及此题中的处罚行为。