某医疗机构应用传统工艺配制中药制剂未依照《中医药法》规定备案，药品监督管理部门应当对其违法行为作出的认定是

根据《中医药法》的规定，医疗机构应用传统工艺配制中药制剂未依照规定备案，或者未按照备案材料载明的要求配制中药制剂的，应当按照生产假药进行处罚。因此，药品监督管理部门应当对该医疗机构的违法行为作出按生产假药处罚的认定。