在全面深化行政审批制度改革工作中,国务院决定将行政审批项目的管理层级由省级药品监督管理部门下放到设区的市级药品监督管理部门的行政许可项目有()

根据国务院对行政审批制度改革的决定，麻醉药品和第一类精神药品运输证明核发以及麻醉药品和精神药品邮寄证明核发这两个项目的管理层级由省级药品监督管理部门下放到设区的市级药品监督管理部门。而中药材生产质量管理规范认证和药用辅料的注册审批都已经取消审批，因此B和D选项是不正确的。