Had he worked harder, he __ the exams.

从句是一个省略if的条件句，表示对过去事实的假设，用虚拟语气。在虚拟语气中，如果条件句中的动作发生在过去，那么主句中的动作应该使用“would have done”的形式来表示结果可能不同。因此，“他本来会通过考试”的正确表达应该是“would have got through”。所以正确答案是B。