By the time he retires, Carl______president for 15 years at the university.

此句为“将来完成时”，表示将来某一时间以前已经完成或一直持续的动作。句子中的“By the time he retires”表示将来的时间点，而“will have been”是将来完成时，表示到将来某个时间点之前已经完成的状态或动作。因此，正确答案为B。