The librarian did some careful checking and found several books ______from the shelf.

根据句意，图书管理员在仔细检查后发现有书不见了。选项B “missing” 表示“失踪的，缺失的”，符合句意。其他选项如A “leaking” 表示“泄露”，C “losing” 表示“失去”，D “dropping” 表示“掉落”，均与句意不符。因此，正确答案是B。