The sweater she received in the end differed________the one she had seen online.

题干中的句子表达的是“她最后收到的毛衣和她在网上看到的不同”，所以需要用到表示“不同”的词语。选项A的by主要用于表示方式或手段；选项B的in表示在某个方面不同；选项C的with表示伴随或比较；而选项D的from表示与……不同。根据句意，正确答案为D。