一艘船只将从新加坡港起程，选择捷径至地中海沿岸，它将经过的海上咽喉要道有：①马六甲海峡②霍尔木兹海峡③苏伊士运河④直布罗陀海峡

从新加坡港出发到地中海沿岸，船只首先会经过马六甲海峡，这是连接太平洋和印度洋的重要航道。接着，船只进入印度洋，通过曼德海峡（选项中没有提到）进入红海。为了尽快到达地中海，船只接下来会选择通过苏伊士运河，这是一条连接红海和地中海的捷径。因此，正确答案是D，即经过马六甲海峡和苏伊士运河。霍尔木兹海峡和直布罗陀海峡虽然也是重要的海上通道，但它们并不是从新加坡到地中海的捷径所必经的。