在1861年，清政府为处理洋务而专门设立的中央机关是？

在第二次鸦片战争后，清政府设立了总理各国事务衙门，作为总理洋务的中央机关，负责对外交涉。这是为了应对与各国的外交事务，特别是与洋人的交往。因此，选项B是正确的。其他选项如外交部、商务部等与这一时期的历史背景不符，而总督衙门是地方行政机构，并非专门负责洋务的中央机关。