羽毛球队有4名男运动员和3名女运动员，从中选出两对参加混双比赛，则不同的选派方式有

从羽毛球队中选出两对参加混双比赛，相当于从男运动员中选两名男选手的方式和从女运动员中选两名女选手的方式的组合。对于男运动员的选择，有四种方式（C（男，2）），对于女运动员的选择也有三种方式（C（女，2））。所以总的选派方式是两者相乘，即4 * 3 = 12种。但这只是选出了两名男选手和两名女选手的方式，还需要将这两对组合配对成两对混双，配对方式有A（2，2）= 2种。因此，总的不同的选派方式是男选手选择方式乘以女选手选择方式再乘以配对方式，即12 * 2 = 24种。但由于题目要求的是不同的选派方式而不是组合方式，因此需要除以一个排列数（因为两对混双的相对顺序不重要），即不同的选派方式是组合数而不是排列数，最终结果为组合数（男选手组合与女选手组合），即不同选派方式为C（男选手组合）× C（女选手组合）= 3种。因此答案为D选项。