孔、庄、杨三人是某单位的处长、副处长和科长。可以确定的是，庄至今尚未去过长江村调研；杨虽未去过长江村，但是他就调研这件事曾与处长商量过；科长曾去过长江村调研多次，写过专门的调查报告。
据此，可以推断担任处长、副处长和科长职务的人依次分别是：

根据题目描述，庄至今尚未去过长江村调研，因此庄不可能是科长。杨虽未去过，但他与处长商量过调研事宜，说明杨也不是处长，那么杨只能是副处长。科长曾去过长江村调研多次，写过专门的调查报告，因此科长只能是孔。综合以上信息，可以推断出担任处长、副处长和科长职务的人依次是庄、杨、孔，因此答案是B。