Before Tom comes back from New York, his team ______ that building project.

根据句子结构和语境分析，本句包含一个Before引导的时间状语从句，从句使用了一般现在时表示将来的动作。因为“完成建筑项目”发生在“从纽约回来”之前，所以需要使用将来完成时，即主句应该用“will have finished”的形式表示在将来某个时间点之前已经完成的动作。因此，正确答案为C。