At present Tom is the only one of the students who ______ highly skilled at computer programming.

在这个句子中，“At present Tom is the only one of the students”是一个包含定语从句的主句，其中Tom是主语，is是系动词。在定语从句中，“who ______ highly skilled at computer programming”需要填入一个谓语动词，根据主句中的时间状语“At present”（目前）和主句的谓语部分“is”，我们知道这是一个描述当前情况的一般现在时句子。在定语从句中，“of the students”表明了复数关系，但因为句子中有“the only one”，这里的定语从句实际上指的是Tom这个人，因此谓语应该使用单数形式。所以正确答案是C，“is”，表示Tom是唯一一个在电脑编程方面高度熟练的学生。