I can’t understand _______ the boy at home alone yesterday.

本题考查宾语从句的语序及时态。题干中说到“我不能理解为什么她昨天把这个男孩儿独自留在家里”，这是一个宾语从句，需要使用陈述句语序，即“主语+谓语+其他成分”，而不是疑问句的语序。同时，根据语境中的时间状语“yesterday”，需要使用一般过去时。因此，正确答案为A，表示“我不明白她昨天为什么要离开男孩独自在家”。