He told me that he _______ here for ten minutes.

根据句意和语境，“他告诉我已经在这里十分钟了”，可知这个动作发生在过去，并且持续了十分钟，因此需要用过去完成时表示过去的过去。同时，根据时间状语for ten minutes表示一段时间，不能和短暂性动词连用，所以排除短暂性动词come，选择持续性动词be。因此正确答案为C，即“had been”。