软件工程包含方法、（ ）两个要素。

软件工程由方法、工具和过程三个部分组成。方法是指完成软件工程项目的技术手段，它支持整个软件生命周期。工具是人们在开发软件的活动中智力和体力的扩展与延伸，它自动或半自动地支持软件的开发和管理，支持各种软件文档的生成。而过程中的管理人员需要对软件开发的质量、进度和成本进行评估、管理和控制，包括人员组织、计划跟踪与控制、成本估算、质量保证和配置管理等。因此，正确答案是C，即软件工程由方法、工具和过程三个部分组成。