项目章程可以由发起人独立编制，也可以由项目经理与哪一合作方共同编制，以更全面地理解项目目的、目标和预期收益，从而更有效地分配资源？

项目章程可以由发起人编制，也可以由项目经理与发起机构合作编制。通过合作，项目经理能够更好地了解项目的目的、目标和预期收益，以更有效地分配项目资源。参考解析中提到的是“发起机构”，而选项A是“发起机构”，因此选项A是正确的。