项目经理第一次承接移动端APP的软件开发项目，在做成本估算时， 考虑了最不利的情况，估算出成本为90人日，最有利的情况下成本为45人日，公司的期望成本为60 人日。基于贝塔分布的三点估算法，该项目的估算成本为(35)人日

根据贝塔分布的三点估算法，我们需要考虑最乐观、最可能和最悲观的情况下的成本估算。计算估算成本的公式为：（乐观成本+4可能成本+悲观成本）/6。将题目中给出的数据代入公式，得到：（45+460+90）/6 = 62.5人日。因此，该项目的估算成本为62.5人日，答案选D。