项目经理在运行预算方案编制时，收集到的基础数据如下：工作包的成本估算为40万元；工作包的应急储备金为4万元；管理储备金为2万元。该项目的成本基准是（）万元。

成本基准是指在项目预算方案中，经过批准的项目成本的总和，包括工作包的成本估算和应急储备金。根据题目描述，工作包的成本估算为40万元，应急储备金为4万元。因此，该项目的成本基准是工作包的成本估算与应急储备金的和，即40万元 + 4万元 = 44万元。所以正确答案为B。管理储备金不属于成本基准的一部分。