项目组的测试人员在软件系统测试时发现了一个重大缺陷并报告给了项目经理，项目经理接下来应该（ ）。

测试人员在发现重大缺陷并报告给项目经理后，项目经理首先应该评估这个缺陷是否需要对系统进行修改。这是因为评估可以帮助确定缺陷的严重性、影响范围以及修改的成本和风险等，从而做出是否进行修改的决策。因此，选项D“评估是否需要修改”是项目经理接下来应该做的首要步骤。其他选项如提交变更申请、与质量保证人员商量如何修改或分配给开发人员修改，都是在确定了需要修改之后进行的操作。