乙公司中标承接了甲机构的网络工程集成项目，在合同中约定了因不可抗力因素导致工期延误免责的条款，其中不会被甲机构认可的不可抗力因素是 （28） 合同约定， 。

根据合同约定的不可抗力因素，一般指的是自然、环境或不可控制的第三方因素，这些因素超出了合同主体的控制范围，且无法预见或避免。选项A中的施工现场遭遇长时间雷雨天气属于自然环境因素，一般会被认定为不可抗力因素。选项B中的物流公司车辆遭遇车祸属于第三方因素，也有可能被认为是不可抗力因素。选项D中的施工现场长时间停电虽然可能影响工程进度，但可能被视为可预见或可控制的因素。而选项C中的乙方施工队领导遭遇意外情况，属于乙方自身因素，不属于不可控制第三方因素的范围，因此一般不会被认定为不可抗力因素，不会被甲机构认可。