以下项目的招标过程中， （ ） 的做法是正确的。

对于题目中的各个选项进行分析：

A选项：某市计划投资建设大型轨道交通地铁项目，确定了项目的可行性并落实了资金来源，且由于第一条地铁项目的主要控制系统是由集成商A建设的，因此决定继续由集成商A承担此地铁项目的主要控制系统建设。然而，政府投资大型项目通常需要通过公开招标方式确定承建方，因此仅凭之前的合作经验直接选定集成商A可能存在不透明、不公平的问题。

B选项：某政府采购项目，招标人编制了招标文件，由于此项目涉及政府的重要数据，因此招标文件中对投标人资质要求为具备涉密系统集成资质。这个选项是合理的，因为涉及政府重要数据的项目确实需要具有相应资质和能力的投标方参与。

C选项：招标人在制定招标的评分标准时，设定了"内部管理"为一项评标项，但给出的评分细则是用诸如"好"、“较好”、"一般"等模糊性词语。在招标过程中，评分标准应该清晰、明确，避免使用模糊性的词语，以确保评分的公正和透明。

D选项：招标人收到投标方的标书后应该签收，但描述中提到“当面开启进行初审，确定提交的标书形式上是否完整”。按照常规招标流程，招标人收到投标文件后应当签收封存，不得开启，开标应当在招标文件确定的提交投标文件截止时间的同一时间公开进行。因此，此选项的描述存在错误。

综上所述，正确的做法是B选项。