某市政府采购采用公开招标。招标文件要求投标企业必须通过ISO9001 认证并提交ISO9001 证书。在评标过程中，评标专家发现有多家企业的投标文件没有按标书要求提供ISO9001 证书。依据相关法律法规，以下处理方式中，（28）是正确的。

根据题目描述，某市政府采购采用公开招标，招标文件要求投标企业必须通过ISO9001认证并提交ISO9001证书。在评标过程中，发现有多家企业的投标文件没有按标书要求提供ISO9001证书，处理方式中正确的是B选项，即若满足招标文件要求的企业达到三家，招标有效。因为根据《中华人民共和国政府采购法》的规定，在招标采购中，符合专业条件的供应商或者对招标文件作实质响应的供应商不足三家时，应予废标，但如果满足要求的企业数量达到三家，则可以继续进行招标程序。其他选项的处理方式不符合相关法律法规的规定。