在嵌入式系统设计中,用来进行CPU调试的常用接口是JTAG接口。JTAG是一种调试接口,用来供开发人员调试CPU的工作状态。通过JTAG接口,JTAG软件可以控制CPU来调试CPU以及读写Flash。而其他选项如PCI接口、USB接口和网络接口并不是专门用于CPU调试的接口。因此,本题正确答案为D。