用户在提供经费委托软件公司开发软件时，双方商定的协议中未明确软件著作权的归属。请问软件著作权应由哪方享有？

根据《计算机软件保护条例》第十二条的规定，受他人委托开发的软件，其著作权的归属由委托者与受委托者签定书面协议约定。如果双方未签订书面协议或者协议中未明确约定，则软件著作权属于受委托者，即软件公司。因此，本题中的软件著作权应由软件公司享有。