某软件公司研发出一套应用软件并签署了保密协议，但一名研发人员却公开了其中的算法和部分程序代码。请问该行为导致软件公司丧失了什么权益？

本题考查商业秘密。
根据题干，某软件公司研发的软件属于职务作品，该软件著作权属于公司。但是，该软件中的算法和部分程序代码属于商业秘密，由于研发人员将其公开发表，导致公司丧失了该软件的商业秘密。因此，正确答案为D，即商业秘密。