信息系统的安全是个复杂的综合体，涉及系统的方方面面， 其中（1）是指保护计算机设备、设施和其他媒体免遭地震、水灾、火灾、有害气体和其他环境事故（例如，电磁辐射等）破坏的措施和过程。（2）是计算机信息系统安全的重要环节，其实质是保证系统的正常运行，不因偶然的或恶意的侵扰而遭到破坏，使系统可靠、连续地运行，服务不被中断。

根据题目描述，第一种情况涉及保护计算机设备、设施和其他媒体免遭各种环境事故的破坏，这主要指的是实体安全，因此（1）对应的是实体安全。而第二种情况描述的保证计算机信息系统的正常运行，防止因偶然或恶意的侵扰而遭到破坏，使其可靠、连续地运行，服务不被中断，这对应的是运行安全，即（2）是运行安全。因此，实体安全和运行安全分别对应的是D和C选项。题目中给出的参考答案为D，符合题目描述。