在PKI系统中，负责验证用户身份的是哪个机构或个体？哪些用户不能在PKI系统中申请数字证书？

在PKI系统中，负责验证用户身份的是注册机构RA。用户可以是自然人、个人、集团或团体、政府机构等，都可以在PKI系统中申请数字证书。因此，选项A“网络设备”和选项B“自然人”都是正确的。其他选项如C和D，虽然也可能存在于PKI系统的环境中，但它们并不是专门负责验证用户身份的角色。