若系统正在将（1）文件修改的结果写回磁盘时系统发生掉电，则对系统的影响相对较大。

若系统正在将文件修改的结果写回磁盘时发生掉电，对系统的影响相对较大的是用户数据。因为目录文件记录了文件的相关信息，如果目录文件未能成功写回磁盘，可能会导致文件信息丢失或混乱，进而影响用户数据的完整性和可用性。而空闲块、用户程序和目录本身在掉电时不会受到太大影响。因此，正确答案是D，即用户数据。