网络信息系统的整个生命周期包括：网络信息系统规划、网络信息系统设计、网络信息系统集成与实现、网络信息系统运行和维护、网络信息系统废弃5个阶段。网络信息安全管理重在过程，其中网络信息安全风险评估属于(2)阶段。

根据题目描述，网络信息安全风险评估是在网络信息系统运行和维护阶段进行的，以评估系统的安全性和可能存在的风险。因此，正确答案应该是D选项：“网络信息系统运行和维护”。其他选项如网络信息系统规划、设计、集成与实现等阶段虽然也是网络信息系统生命周期的一部分，但它们主要关注的是系统的构建和集成，而不是运行和维护过程中的安全问题评估。