按照VPN在TCP/IP协议层的实现方式，可以将其分为链路层VPN、网络层VPN、传输层VPN。以下属于网络层VPN实现方式的是（39）。

根据题目描述，网络层VPN的实现方式包括受控路由过滤和隧道技术。因此，选项D“隧道技术”是正确的答案。选项A的MPLS通常被认为是介于数据链路层和网络层之间的协议，不属于网络层VPN的实现方式。选项B的ATM和选项C的Frame Relay是数据链路层的VPN实现方式。