基于现有系统功能，整合部门级应用以解决系统多、功能分散、重叠及界限不清的问题，这是应用架构设计遵循的哪一原则？

根据题目描述，需要通过整合部门级应用，解决应用系统多、功能分散、重叠、界限不清晰等问题。这正好符合应用聚合化原则，即将多个应用系统进行整合，形成一个集中的、功能整合的应用架构。因此，答案是D，应用聚合化原则。