根据配置项控制的标准流程,项目经理并不直接负责对配置项的变更申请进行评估和确认。通常情况下,变更控制委员会(CCB)是负责评估和确认配置项变更申请的机构。根据变更的严重性和影响范围,CCB会组织相关人员进行评估,并做出批准、否决或推迟的决定。因此,选项B中的说法不对。选项A、C、D的描述都是关于配置项控制流程中的正确步骤。