系统集成项目通过验收测试的主要标准应该是需求文档定义的功能全部实现,并且非功能指标达到目标要求。这是因为系统通过验收的标准需要以满足用户的需求作为衡量的标准,包括功能需求、非功能需求和设计约束。因此,正确答案为B。