某项目经理2015年6月1日为止的成本执行（绩效）数据为：PV(计划值）=20000元，EV(挣值）=21000元。AC(实际成本）=22000元。则SV(进度偏差）是（47）元。

根据题目给出的数据，项目经理的进度偏差（SV）可以通过计算挣值（EV）和实际成本（AC）的差值得到。在本题中，EV为21000元，AC为22000元，因此SV = EV - AC = 21000元 - 22000元 = -1000元。但题目中的参考答案给出的计算方式是SV=EV-PV，所以SV=21000-20000=1000元，与参考答案一致。因此，正确答案为A。