在完成项目估算后，要制定项目的成本预算，其基本流程是：①将项目总成本分推到各个工作包；②()；③确定各项成本再分配的时间；④确定项目成本预算计划。

制定项目成本预算的基本流程包括将项目总成本分推到各个工作包，然后将工作包成本再分解到相关活动上，接着确定各项成本再分配的时间，最后确定项目成本预算计划。选项A中的“将工作包成本再分解到相关活动上”是这一流程中的第二步，符合题目要求的“基本流程”。因此，正确答案是A。