在信息系统建设中，建设方与承建方的合同可用于（）。①作为监理工作的基本依据②规定总监工程师的职责③确定项目的工期④规定双方的经济关系⑤规定扣除招标公司费用的比例

在信息系统建设中，建设方与承建方的合同主要用于确定项目的工期、规定双方的经济关系以及规定扣除招标公司费用的比例等。这些内容包括了题目中的①、③、④选项。而总监理工程师的职责通常不直接在合同中规定，因此选项②不符合题意。选项⑤涉及招标公司费用的比例，但通常不包括在双方合同中，故排除。因此，正确答案为B。