某政府部门需要改造现有信息系统，目前正在开展项目立项工作，该项目经初步投资估算确定的投资额为950万元，而项目可行性研究报告，得到批复确定为890万元。在这种情况下建设单位恰当的做法是 （ ） 。

根据题目描述，项目初步投资估算确定的投资额为950万元，而项目可行性研究报告得到批复确定为890万元，两者之间存在差异。按照常规流程，如果项目初步设计方案和投资概算报告的编制内容与项目可行性研究报告批复内容有重大变更或变更投资超出已批复投资总额度10%的，需要重新报批可行性研究报告。但在这个案例中，差异并没有超过10%，因此不需要重新报批项目可行性研究报告或项目建议书。在这种情况下，建设单位应在提交项目初步设计和投资概算报告时，以独立章节对调整部分进行定量补充说明。所以，选项D是正确的做法。