信息系统文档的管理主要体现在文档书写规范、图表编号规则、文档目录编写标准和 （ ） 等几个方面。

文档管理制度是信息系统文档管理的一个重要方面，它涉及到文档的分类、存储、检索、更新和审核等方面，确保文档的一致性和可靠性。其他选项中，A项“文档管理方法”较为笼统，没有具体指出管理方法；C项“监理文档规范”可能涉及到一部分文档管理的规范，但不是核心方面；D项“文档使用权限控制”主要是关于文档的安全性和访问控制，并非文档管理的主要方面。因此，正确答案是B，即文档管理制度。