计算机信息系统集成企业资质的三、四级证书应    。

根据《计算机信息系统集成资质管理办法（试行）》，申请三、四级资质的单位将申报材料提交到各省（市、自治区）信息产业主管部门，由这些主管部门所属的资质认证机构组织资质评审后，将评审结果报部资质认证工作办公室，最终由省（市、自治区）信息产业主管部门颁发资质证书。因此，计算机信息系统集成企业资质的三、四级证书应由工业和信息化部印制，由各省市系统集成企业资质主管部门颁发，选项A正确。