某国家部级信息安全系统工程建设项目，建设单位通过公开招标方式选定施工单位A承建本项目，监理单位B承担整个项目全过程监理工作。项目实施阶段，因需采购安装的安全设备型号停产，施工单位申请对此安全设备进行变更，变更产品为原设备升级版本，各项功能、性能均有提升，也均符合国家信息安全标准规范。

根据题目描述，该国家部级信息安全系统工程建设项目需要采购安装的安全设备型号停产，但施工单位申请变更设备为升级版本，各项功能、性能有所提升并符合国家信息安全标准规范。根据相关规定，商用密码应用系统建设完成后，对于信息系统的安全系统需要进行等级保护评估，商用密码应用安全性评估，评估通过后系统方可投入运行。题目中并未提及该项目的具体等级，但从题目描述来看，这应该是一个较大的项目，因此其信息系统安全系统的等级应该为第三级。因此，答案为B。