关于信息系统工程变更的相关说法，以下哪项是不正确的？

在信息系统工程实际的建设过程中，变更是一个常见的现象，对于变更的控制是为了更好地服务于质量控制、进度控制和成本控制。关于本题中的各个选项：

A项：项目实施过程中，变更处理越早，损失越小。这是正确的，因为早期处理变更可以避免后期更大的损失或影响。

B项：任何变更都要得到三方（建设单位、监理单位和承建单位）书面确认。这也是正确的，因为变更涉及到项目的各个方面，需要三方的共同确认和协作。

C项：只有承建单位和建设单位才能提出变更申请。这个说法是不正确的。在实际项目中，除了承建单位和建设单位，监理单位等其他相关方也可能需要根据实际情况提出变更申请。

D项：建设单位由于机构重组等原因造成业务流程的变化，可能导致变更。这是合理的，因为建设单位的内部变化可能会影响到项目的实施和需要进行的变更。

因此，不正确的说法是C项。